La storia di Fullmetal Alchemist ha luogo in un mondo di fantasia che somiglia all'inizio del XX secolo (l'ambientazione viene infatti considerata un esempio di steampunk) e riguarda due fratelli, Edward e Alphonse Elric, che hanno uno speciale talento per l'alchimia. Essi infatti sono figli di un famoso alchimista, la cui esistenza è inizialmente sconosciuta, visto che li ha lasciati soli con la madre quando erano ancora molto piccoli.
01 Colui che sfida il sole 02 Il corpo del peccatore 03 Mamma... 04 Trasmutare lìamore 05 Vai auto mail 06 Esame di selezione per state alchemist 07 La notte in cui la chimera pianse 08 La pietra filosofale 09 L'orologiio d'argento del cane dell'esercito 10 La ladra psiren 11 Terra ghiaiosa parte 1 12 Terra ghiaiosa parte 2 13 Flame Vs full metal 14 La mano destra della distruzione 15 Il massacro di ishbal 16 Cose perdute 17 La casa dove la famiglia attende 18 Il messaggio di marcoh 19 La verità alla base di tutte le verità 20 L'anima del guardiano 21 Bagliore cremisi 22 Esseri umani artificiali 23 Cuore d'acciaio 24 Impiantare i ricordi 25 Cerimonia d'addio 26 Le sue ragioni 27 Sensei 28 Il tutto è uno, l'uno è tutto 29 Bambino innocente 30 Assalto al quartier generale meridionale 31 Peccato 32 Dante della foresta 33 Al...rapito 34 La teoria di greed 35 Reincontro con lo stolto 36 Il peccatore dentro di me 37 Il sottotenente all'attacco 38 Lungo il fiume che scorre 39 La guerra civile orientale 40 La cicatrice 41 La santa madre 42 Senza sapere il suo nome 43 La fuga del cane randagio 44 Hohenheim della luce 45 Corruzione dell'anima 46 Trasmutazione umana 47 Sigillare gli homunculus 48 Addio 49 L'altro lato del portale 50 Morte